La qualité et la performance des programmes de vaccination sont une préoccupation pour les Etats et les partenaires au développement. L'AMP apporte son expertise logistique pour la conception, la mise en place et l’évaluation des aspects logistiques des programmes de vaccination. Cette expertise permet entre autres d’améliorer la qualité de la conservation des vaccins, la sécurité de la vaccination, l'approvisionnement en vaccins et consommables, la gestion des vaccins et consommables, la gestion des équipements de chaîne du froid, la gestion des transports et de réaliser la faisabilité de l'introduction des nouveaux vaccins notamment en ce qui concerne les aspects logistiques.