Depuis 1984, l’AMP contribue à la formation en épidémiologie d’intervention, notamment avec la création du cours de l’Institut pour le Développement de l’Epidémiologie Appliquée (IDEA). Après avoir réalisé le 1er Cours d’épidémiologie et de gestion des programmes de santé (EPIGEPS) en 1995, les pays d’Afrique Sub-Saharienne ont exprimé le besoin de créer un cours africain d’épidémiologie et d’informatique appliquées. Ainsi, depuis 1998, l’AMP organise chaque année, le Cours International d’Epidémiologie et d’Informatique Appliquées en Afrique (IEIAA), qui est d’une durée de 4 semaines par session.
Depuis 2002, dans le cadre de l’Alliance Mondiale pour les Vaccins et la Vaccination (GAVI), l’AMP met en œuvre le programme de formation action en vaccinologie pratique et management des systèmes de prévention vaccinale (EPIVAC) à l’attention des pays francophones d’Afrique Sub-Saharienne. Cette formation d’une durée d’un an par session est validée par un diplôme inter universitaire de 3ème cycle, délivré par les universités de Cocody Abidjan et de Paris Dauphine.